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中區國稅局提醒，藥局的課稅方式有二種，若是依醫師處方箋配藥等工作，相關收入要併入藥師個人綜合所得稅申報；至於銷售藥品或其他貨物收入，則要報繳營業稅及營利事業所得稅。
官員說明，藥局如僅專營藥品調劑、藥品供應等業務，相關收入屬於藥局主持藥師、藥劑生的「執行業務所得」，依法須併入個人綜合所得稅課徵。
但如果藥局其他的藥品或其他貨物銷售業務，依法就須辦理營業稅稅籍登記，不只銷售商品須課徵營業稅，相關收入也要申報繳納營所稅。
舉例而言，官員表示，很多民眾去診所看診後，會持醫生開立的處方箋到藥局拿藥，藥局依處方箋調劑藥品，並向健保局領取調劑費及藥品費收入，這就屬於藥師、藥劑生的執行業務所得，依法課徵綜所稅，不用課徵營業稅。
官員表示，如果藥局銷售非處方箋藥品，或是販賣其他保健雜貨，與一般店家銷售貨物沒什麼不同，應辦理稅籍登記、課徵營業稅。
新聞出處：109/4/16經濟日報
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